Une nouvelle tranche de travaux décidée en 1997 a été concrétisée en 1999. Elle prévoyait non seulement le rejointoiement du mur Nord du Logis 3 mais également le renforcement de celui-ci par la reprise de la maçonnerie dans sa partie basse qui était effondrée, formant un énorme trou qui affaiblissait le reste de la construction. Dans un souci de sécuriser l'ensemble du site, l'association des Amis de Rochebonne complétait ce projet par la reconstruction d'un mur effondré reliant le mur Est du grand logis au Logis 3.
C'est l'entreprise locale Giraud qui a été chargée du chantier de restauration. Elle a, en outre, rejointé une partie du mur qui surplombe le chemin conduisant au logis central, le Logis 2. Ce vestige est en réalité le sommet du mur Est du Logis 3 et montre ainsi au visiteur la hauteur de l'édifice. A proximité a été implanté un mât de 12 mètres pour l'oriflamme des Châteauneuf de Rochebonne. L'association Les Amis de Rochebonne envisage aujourd'hui le déplacement de celui-ci dans un lieu plus approprié.
Avant les travaux de consolidation du mur Nord du Logis 3, on pouvait voir une fenêtre murée, sans doute au moment du doublement de ce mur. L'évacuation des pierres a permis de mettre à jour l'existence d'un ancien placard donnant dans cette partie du château. À proximité, on aperçoit encore l'amorce de la voûte d'une ancienne porte.